Cesare Borgia wurde am 13. September 1475 bei Rom als illegitimer Sohn von Rodrigo Borgia, dem späteren Papst Alexander VI. (1431 – 1503) und seiner Geliebten Vanozza de´Catanei (1442 – 1518) geboren. Er ist das älteste von vier Kindern. Er hat noch zwei weitere Brüder Juan Borgia, 1474 geboren und im Juni 1407 ermordet und Jofre Borgia, 1482 geboren. Außerdem hat er noch eine Schwester, die berühmte Lucrezia Borgia (1480 – 1519), die genau wie er und ihr Vater in die Geschichtsbücher eingehen sollte.

Genau wie seine Schwester Lucrezia wächst Cesare nicht bei seiner Mutter, sondern bei Adriana Mila Orsini, einer Verwandten von seinem Vater und eine Tochter dessen Cousins Don Pedro, in einem Palast in der Nähe des Vatikans auf. Cesare erhält eine ausgezeichnete Ausbildung, wie es sich für einen jungen Mann seines Standes gehört. 1488 beginnt er ein juristisches Studium in Perugia und Pisa. Durch seine außerordentlichen Fertigkeiten im zivilen und kanonischen Recht macht er schon in jungen Jahren erstmals auf sich aufmerksam.

Aus diesem Grund und durch seine Herkunft wird er mit 16 Jahren im Jahr 1491 ohne Priesterweihe von Papst Innozenz VIII. (1432 – 1492) zum Bischof von Pamplona in Spanien geweiht und im Jahr darauf zum Metropolitan-Erzbischof von Valencia berufen. Bereits 1493 tritt er 18-jährig das Amt eines Kardinals an, nachdem der neue Papst, sein Vater Rodrigo Borgia wurde 1492 zum Papst Alexander VI. ernannt, ihn dazu berufen hatte.